財務自主是大學自治的重要前提，如今除非重大違規，否則教育部礙於大學自治也無法直接插手。（柯承惠攝）
大學自治是《憲法》保障的自由權，關鍵無非讓大學在人事、財務上擁有自主權，然而近年來隨著關鍵人事皆由校方掌握，加上校內監督機制失衡，各校上看數十億元甚至千億元的資產，卻逐漸失去監督可能，當民主化浪潮已經走過30年，即將迎來下一階段的18歲公民權時，過去高喊的大學自治，要如何翻轉迎接新時代？（系列2之2）
過去國立大學經費跟公務預算一樣，每年由政府編列預算挹注，若有餘數則需歸還國庫，然而由於此做法常導致經費有一年、沒一年，加上大學自治精神抬頭，教育部於是從1999年開始施行校務基金制度，各校以每年政府編列預算、補助款、自籌營收等款項組成基金，若有騰餘款項則回歸基金，此外也可以此基金進行投資。
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